在实践中，很多发展初期的跨境出口电商为了提高效率、方便省事，采用了行业内一些普遍的做法，比如物流报关环节采用了货代的双清报税，收款通过第三方支付直接提现到个人私卡，境外未申请VAT税号等。但是这些操作存在很大的风险，特别是现在国内和国外税收监管趋严的形势下，被稽查的概率增加，一旦被税务稽查，将面临补缴税款、滞纳金和罚款等，企业将付出高昂的成本，多年的辛苦经营成果可能毁于一旦。下面我们浅谈一下目前跨境出口电商面临的一些主要风险。
首先，通过货代双清报税的方式安排物流报关，是存在很大风险的，因为通常来说货代公司代为办理清关和报税，并不是以出口电商的名义去办理的，其风险主要体现在以下几个方面:
1、一旦货物被扣押，不能主张货权。货代公司有时候为了清关便利，报关单列示的货物信息可能与实际不符，一旦被海关查验扣押，跨境电商企业将不能主张货权，因为报关单等单据上显示的发货人不是企业自身。即便货代通过补缴税款和罚款等方式最终清关了，但是额外增加的成本最终会转嫁到电商企业自身。甚至可能出现货代公司最终不能清关，相关货物最终被海关没收。
2、双清包税模式下，跨境出口电商通常未在境外申请VAT税号，而是通过货代公司以其他实体的VAT税号办理清关，目前境外税务机关对电商企业监管越来越严，同时部分客户会要求企业开具含VAT税号的发票，由于企业没有自己的VAT税号，不能满足客户的发票需求，将面临被客户拒付货款的风险。欧美地区即将全面实行电商平台代扣代缴VAT税费，未来境外税务合规是必然趋势。
3、货代公司一旦被税务部门稽查，必然会牵连到跨境出口电商自身，企业将面临补缴税款、滞纳金和罚款等。
其次，通过第三方支付将货款提现到个人私卡也是存在很大风险的。这种方式确实简便省事，个人私卡提现到账后，再安排支付供应商货款和其他支出等。但是现在税务部门和银行等部门的数据通道已经打通，个人私卡的频繁大额收付，容易引起银行数据异常关注，进而引起税务部门的关注和稽查。随着金税四期即将正式启用，通过大数据对企业及关联人员的银行卡等数据进行综合分析，通过个人私卡收付款已行不通了。
第三个方面的风险是，一旦税务部门介入稽查，税务部门可通过电商平台获取数据，而目前大部分的电商企业只是将部分收入纳入税务账核算，同时财务处理混乱，各项财务指标异常，容易被税务系统通过大数据分析而报警。
